元至正十六年（公元1356年）三月，朱元璋率军渡江占领集庆路，命令改为应天府，暂住在当地富户家里，不久被小明王封为江南行省平章政事。
七月，朱元璋在元朝的江南行御史台建立江南行中书省，从此在这里工作、日子。
元至正二十四年（公元1364年）正月，朱元璋在应天府自称吴王。
元至正二十六年（公元1366年）八月初一，朱元璋命令营建吴王新宫，此刻朱元璋戎行现已攻取了张士诚占有的淮东各地，正要进攻张士诚的浙西区域。
吴国公府矮小狭隘，现已无法习惯朱元璋称王后的需要了。
如果在旧城的基础上改造，不只拆迁工程量很大，并且旧城的方位也不太抱负，西北沿江地带简单遭受进犯，“西北控大江，东进白下门”（《明太祖实录》），间隔钟山比较远。
朱元璋所以令知晓天文地理的刘伯温担任选址，终究选定在钟山南面、应天旧城东面的一块空位；一起，在旧城东面白下门之外约二里的当地增筑新城，将新宫围住在里面，充分利用钟山的险峻地形保证应天城的安全，“东北尽钟山之趾，延亘周回凡五十余里，规制雄壮，尽据山川之胜焉”（《明太祖实录》）。
选定的宫城方位原是燕雀湖地点地；刘伯温以为，燕雀湖是钟山的龙头地点，有“帝王之气”。
朱元璋命令征调民工，填塞燕雀湖的大部分。
元至正二十六年（公元1366年）十二月，小明王逝世，朱元璋决议以次年为吴元年，不再运用龙凤年号，而以“奉天承运，吴王圣旨”的名义发布命令。
朱元璋承受群臣主张，命令制作宗庙、社稷坛、宫廷，“有司营建庙社，立宫室”（《明太祖实录》）。
主管营建的官员把宫廷设计图呈给朱元璋看，朱元璋把雕刻奇秀的当地去掉，告知中书省官员，宫廷巩固即可，无需雕刻巧饰。
元至正二十七年（公元1367年）二月，应天城扩建工程竣工。
八月，圜丘、方丘、社稷坛建成。
圜丘是帝王举办冬至祭天大典的当地，模仿汉制制作，在京城东南，正阳门外，钟山南面。
方丘是祭地神的当地，建在和平门外，钟山北面。
社稷坛，是祭祀土地神、五谷神的场所，建在宫城的西南。
九月，太庙、新宫廷完工，前朝内廷的修建都很俭朴，“制皆朴素，不为雕饰”（《明太祖实录》），契合朱元璋的旨意。
宫城有四座门，南门称为午门，东门称为东华门，西门称为西华门、北门称为玄武门。
从午门进入，过内五龙桥，便来到奉天门。奉天殿是正殿，在奉天门内。奉天殿后边是华盖殿，华盖殿后边是谨身殿。
文楼、武楼散布在奉天殿两边。
奉天殿、华盖殿、谨身殿是前朝之地点。
从谨身殿再往里走，便进入内廷，顺次来到乾清宫、坤宁宫，东西六宫散布在两边。
整座宫城的格式遵从传统礼制
，
呈正方形，中轴对称，奉天殿、华盖殿、谨身殿、乾清宫、坤宁宫在从午门到玄武门的中轴线上，文武官署等修建对称摆放在两边
。
吴王新宫奠定了明朝皇宫的根本格式，乾清宫、坤宁宫、午门、东华门、西华门、玄武门等称号一向沿用至今。