公元前 219年，秦始皇东巡到了山东滨海的琅玡（今诸城东南），齐人 徐福 与一些人士上书秦始皇，宣称海中有三座神山，恳求秦始皇派童男童女和他一同去求长生不老药。秦始皇相信了他的话，派数千童男童女搭船随他启航。通过几年，花去了许多费用，并没有得到神药。公元前 210年，秦始皇再次巡幸琅玡时，徐福恐怕遭到责怪，便编造谎言，说是求神药由于海中有大鲛鱼，遭到阻难，一定要派长于运用连弩的射手去才干扫除困难。据徐福东渡后 20年出世的伍被和淮南王刘安的对话中泄漏，这次秦始皇又派徐福率童男童女 3000人，装载五谷种子、技艺百工下海。徐福的这次东渡一去无影踪，留给了后人种种疑团。
首先是，徐福东渡的真实原因是什么？据《史记》所言，秦始皇支撑徐福东渡，是为了寻神山仙药，求长生不死药。但也有人以为徐福东渡不只寄托了秦始皇长生不老的抱负，还有担任开辟国土的意义。《吕氏春秋·为欲篇》指出了秦国统治者的抱负：“北至大夏，南至北户，西至三危，东至扶木，不敢乱矣。 ”“扶木”便是“扶桑”，即后来所说的日本。秦始皇再三派徐福等入海寻觅三神山，绝不是单纯为了采神药，而是为了把东方国土开辟至日本。
秦始皇统一天下只要 12年的时刻，但是 4次到东方滨海巡视，这说明他对东方诸岛的极大重视。有的学者说：“始皇东巡的底子意图在于完成东至扶木的抱负，而徐福探海东渡正是完成始皇抱负宏愿的详细举动。”秦始皇曾在琅玡刻石中说：“普天之下，抟心揖志。器械一量，同书文字。日月所照，舟舆所载。皆终其命，莫不满意。”又说：“西涉流沙，南尽北户。东有东海，北过大夏，人迹所至，无不臣者。”从中能够看出，秦始皇早有吞并日本之意，徐福东渡，或许正与此有关。
徐福东渡到了哪里也是许多史学家争辩之处？有人说那时帆海技术落后，碰到大风波，悉数覆灭。而史籍中最早记载徐福史事的是司马迁，但是没有批注徐福浮海到了何处。后人以为是台湾岛或琉球群岛，也有说是美洲，但大多数以为是日本。
据《史记·淮南衡山列传》中的记载：“徐福得平原广泽，止王不来。”能够估测徐福登陆地是一平原。日本列岛契合这一特征，除日本列岛外，其他岛屿没有“平原广泽”的地舆特征。别的，徐福东渡日本，在后世的史书资猜中也有记载。在《三国志·吴书·吴主传》中记载：“长老传言秦始皇遣方士徐福将童男女数千人入海，求蓬莱神山及仙药，止此洲不还。 ”《后汉书》中，把徐福入海求仙事情附在倭国之后。五代时期义楚和尚所写《义楚六帖》中说到：“日本亦名倭国，在东海中，秦时，徐福将五百童男、五百童女止此国。”宋代文学家、史学家欧阳修也以为徐福东渡到日本，明初，日本和尚空海到南京，向明太祖献诗，提“熊野峰前徐福祠”。清末驻日公使黎庶昌、黄遵宪等人，都观赏了 徐福墓 ，并作诗文题记。在日本学术界，也有不少史
料记叙徐福到日本的情况，有《神皇正统记》、《林罗山文集》、《异称日本传》、《同文通考》等文献。
在日本民间，徐福被尊称为农神、蚕桑神、医药神。还有一些日本人以为自己是徐福的后嗣，他们的依据是：在日语中，秦与羽田的发音相同。日本前辅弼羽田孜就称自己是徐福的后嗣。他说：“我是秦人的后嗣，我的姓在很早以前写作‘秦’，我当辅弼时，考古学家和前史学家对我的宗族进行了查询，并在祖石碑上发现了‘秦’字。”
但是，也有些学者以为，徐福东渡并不是到了日本而是美洲。在隋唐时期，日本与我国往来极为频频，但在文献之中却稀有“徐福”二字。而日本古文献中载有徐福传说者以《神皇正统记》（1339年）为最早，这是受了宋元以来我国文献的影响。由于徐福东渡的时刻与美洲玛雅文明的鼓起相吻合。在哥伦布发现美洲之前，已有多位我国人到过美洲，故徐福后来东渡美洲很有或许。吴人《外国图》指出“洲去琅玡万里”，依据间隔剖析底子不是日本，而是美洲。最早记叙倭国的《后汉书》是把亶洲与日本区别开来的。“亶”字有大岛的意义，美洲大陆像“亶”字，故以字形命名。现在檀香山还遗有带有我国篆书刻字的方形岩石，旧金山附 近也有刻有我国篆文的古箭等文物出土，所有这些都是徐福东渡美洲的明证。除了徐福东渡的原因和徐福东渡所到之地外，徐福东渡起航港在何处也备受争辩。