（图片来源于网络）
后金天命十一年（1626年），努尔哈赤逝世，皇太极成为新任后金大汗。
登基后的皇太极随即进行了“黄白交换”，行将本来由自己统领的正白旗，以及由其长子豪格统领的镶白旗，与由阿济格、多尔衮、多铎三兄弟统领的两黄旗进行旗号交换。至此开端，皇太极亲领正黄旗，豪格统领镶黄旗，而阿济格成为了镶白旗旗主，多铎则是正白旗旗主。与此一起，本来处于左右翼之末的两白旗，方位也得到了提高，被排在了左翼之中的方位。
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这个时分的多铎统领的正白旗坐拥35个牛录，是八旗中实力最强的一旗，而阿济格和多尔衮共领的镶白旗，也有着30个牛录，实力仅次于正白旗和镶蓝旗，排在八旗之中的第三位，而这也引起了皇太极的巨大不安。
于是乎，皇太极先是废黜了阿济格的镶白旗旗主之位，改由多尔衮担任，以借此撮合多尔衮，并在他们兄弟之间制作空隙。在这之后，皇太极又对两白旗进行了一次拆分重组，让多尔衮统领正白旗，多铎改为统领镶白旗，借此进一步约束两白旗的开展。
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不仅如此，皇太极为了完成“南面独坐”，加强中央集权，先后扳倒了统领镶蓝旗的二贝勒阿敏，以及统领正蓝旗的三贝勒莽古尔泰，一起竭力镇压大贝勒代善，尤其是关于莽古尔泰和他的正蓝旗，皇太极进行了极为完全的清算，乃至还一度吞并了正蓝旗，使得“八旗”时间短进入到了“七旗”时期。
紧跟着皇太极又对两黄旗进行了大规模重组，成立了新的正蓝旗，并让自己的长子豪格统领，而他自己则统领新的镶黄旗和正黄旗。
这样一来，皇太极时期镶黄旗、正黄旗、正蓝旗的“上三旗”方位就此树立。
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但是，依照努尔哈赤在天命七年（1622年）树立的“八和硕贝勒共治国政准则”，各旗要平均分配战利品以及新增的人口和部众，这就使得正白旗与镶白旗由于其坐拥的丰盛“家底”，实力一向都是难以被撼动的，尤其是多铎，他统领哪个旗，那么哪个旗便是八旗之中实力最为强壮的。
而为了能在肯定的硬实力上超越两白旗，皇太极也不断扩大着自己的实力，一起将新建的蒙古八旗与汉军八旗划归为皇帝直接统领。通过皇太极的不懈努力，到了清崇德八年（1643年）皇太极逝世之前，由他与豪格统领牛录数量达到了117个，就此超越了由多尔衮三兄弟统领的两白旗的98个牛录。
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崇德八年（1643年），皇太极逝世，年仅5岁的顺治皇帝“出其不意”的承继了皇位，只不过这一时期的大权把握在多尔衮手中。此刻的多尔衮在不断排除异己，加强关于朝堂掌控才能的一起，也在不断扩大着自己所统领的正白旗的实力。
顺治五年（1648年），多尔衮以极端残暴的手法将豪格摧残致死，还夺下了其手中的正蓝旗。之后，多尔衮又将两白旗和正蓝旗进行了一次大规模的重组，由他自己统领正白旗和镶白旗，他的弟弟多铎则改为统领新的正蓝旗。
而多尔衮也在这一时期，将正蓝旗踢出了“上三旗”的序列，让自己的正白旗参加其间，至此，正白旗的“上三旗”方位就此得以树立。
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顺治七年（1650年），多尔衮逝世，亲政后的顺治皇帝在对多尔衮及其翅膀进行清算的一起，还夺下其统领的正白旗与镶白旗，其间，正白旗改由皇帝亲领，镶白旗则是交还给了被遭到多尔衮虐待的豪格宗族。
